ForestGEN
- 日本語
- English
スギ
スギ参照ゲノム配列（SUGI ver. 1）について
スギは日本固有の針葉樹で、成長が早く木材の品質が高いことから広く造林されています。ヒノキ科に属し、11ペアの染色体を持っています。ゲノム サイズは約11Gbpと推定されています（Hizume et al. 2001）。スギは雌雄同株で、同じ個体に雄花と雌花が着花する裸子植物ですが、雄花から放出される花粉がスギ花粉症問題を引き起こしています。スギのゲノム情報を活用し た研究や無花粉スギの育種により、スギ花粉症問題の解決に貢献することができます。スギのゲノムサイズ（11Gbp）は大変大きく、また複雑であ ることから、解読することは困難でした。塩基配列解読技術の進歩によりスギのゲノムを解読することも可能になってきました。スギ参照ゲノム配列 （SUGI ver.1）は、国東３号の自殖第３世代の１個体（「S3-3」）から高分子量のDNAを抽出し、Sequel（PacBio）シーケンサー（塩基配列解読装置）を用い て、全ゲノムショットガン法により、配列データを収集してアセンブルしました。アセ ンブルされたコン ティグは、Hi-Cライブラリにより得られる情報によって連結することで、全染色体をカバーする配列が構築されました。
SUGI ver.1 リリース情報
| 参照/フィーチャー | 総数 | ダウンロード （ファイルサイズ） |
md5sum |
|---|---|---|---|
| スキャフォルド | 2,699 | SUGI_1.genome.fa.gz
(2.6 GB) |
63aa6c0eb8e1e4d14d66d2367bf2aa3d |
| 予測遺伝子 （標準遺伝子セット） |
55,246 | SUGI_1.std.gene.gff3.gz
(5.5 MB) |
4e7c055b90a659374fcdf2f3352081cc |
| SUGI_1.std.cds.fa.gz
(15 MB) |
778de81853db7721ae7ba243cec10367 | ||
| 予測遺伝子 （ゆるい基準の遺伝子セット） |
152,527 | SUGI_1.pmsv.gene.gff3.gz
(11 MB) |
41783713b84aa25668543022a51dfee7 |
| SUGI_1.pmsv.cds.fa.gz
(29 MB) |
34cfcb79de0b6800ccf7da82fbaf99c6 |
| 染色体 ID | サイズ（bp） |
|---|---|
| chr1 | 718,876,227 |
| chr2 | 680,319,432 |
| chr3 | 1,007,622,168 |
| chr4 | 781,262,672 |
| chr5 | 933,584,362 |
| chr6 | 683,545,021 |
| chr7 | 862,687,481 |
| chr8 | 746,363,822 |
| chr9 | 754,841,075 |
| chr10 | 924,125,822 |
| chr11 | 736,731,119 |
| chrCh（葉緑体） | 131,654 |
機能アノテーション
| ダウンロード（ファイルサイズ） | md5sum |
|---|---|
| SUGI_1.EnTAP.tsv (77 MB) | 2619deeee4ea42a34f5f492495498d0d |
| SUGI_1.EnTAP.extra.tsv (81 MB) | 0c118dc62b1e2f7fb0054ce9dfeabe6e |
| SUGI_1.EnTAP.extra.xlsx (33 MB) | fdbd6b05537364d158d0fdd244822bb7 |
| SUGI_1.EnTAP.annot (61 MB) | 605b4eec24affdead193c113bb903a47 |
その他の情報
- # 謝辞 #
- 本研究は森林総合研究所交付金プロジェクト（#201406, #201421, #201906）、JSPS科研費（JP16H06279 (PAGS)、JP20H03239）、農研機構生研支援センター「イノベーション創出強化研究推進事業」 (JPJ007097; Project ID 28013B)、基礎生物学研究所共同利用研究（15-829、16-403、17-405、18-408、19-420、20-428、21-302、 22NIBB402）の支援を受けました。
- # 文献情報 #
-
- Fujino, T., K. Yamaguchi, T. Yokoyama, T. Hamanaka, Y. Harazono, H. Kamada, W. Kobayashi, T. Ujino-Ihara, K. Uchiyama, A. Matsumoto, A. Izuno, Y. Tsumura, A. Toyoda, S. Shigenobu, Y. Moriguchi, S. Ueno, and M. Kasahara, A chromosome-level genome assembly of a model conifer plant, the Japanese cedar, Cryptomeria japonica D. Don. BMC Genomics 25:1039, 2024, doi: https://doi.org/10.1186/s12864-024-10929-4
- Fujino, T., K. Yamaguchi, T. Yokoyama, T. Hamanaka, Y. Harazono, H. Kamada, W. Kobayashi, T. Ujino-Ihara, K. Uchiyama, A. Matsumoto, A. Izuno, Y. Tsumura, A. Toyoda, S. Shigenobu, Y. Moriguchi, S. Ueno, and M. Kasahara, A chromosome-level genome assembly of a model conifer plant, the Japanese cedar, Cryptomeria japonica D. Don. BioRxiv, 2023, doi: https://doi.org/10.1101/2023.02.24.529822
- Fujino, T., K. Yamaguchi, T. Yokoyama, T. Hamanaka, Y. Harazono, H. Kamada, W. Kobayashi, T. Ujino-Ihara, K. Uchiyama, A. Matsumoto, A. Izuno, Y. Tsumura, A. Toyoda, S. Shigenobu, Y. Moriguchi, S. Ueno, and M. Kasahara. Chromosome-Level Genome Assembly of Japanese Cedar (Cryptomeria japonica D. Don). in Plant and Animal Genome Conference / PAG30. 2023. San Diego, CA.
- # 研究グループ関連リンク #
- 森林総合研究所樹木分子遺伝研究領域
- 東京大学大学院新領域創成科学研究科
- 基礎生物学研究所 超階層生物学センター
- 新潟大学大学院自然科学研究科
- 筑波大学生命環境系
- 国立遺伝学研究所比較ゲノム研究室
- # 連絡先 #
- ゲノムブラウザに表示するトラックに関するご要望は、 cj-genome@ffpri.affrc.go.jpまでご連絡ください。
